Interview
«La génomique a ouvert une nouvelle ère dans la sélection bovine»

Depuis l’introduction du génotypage en Suisse il y a dix ans, la génétique laitière et holstein en particulier connaît un progrès sans précédent, assure Timothée Neuenschwander, expert dans le domaine.

«La génomique a ouvert une nouvelle ère dans la sélection bovine»
En 2011, on génotypait les premières vaches laitières de Suisse. Désormais, des milliers d’entre elles voient leur ADN passé au crible chaque année. Quel bilan tirer aujourd’hui de l’introduction de cette technologie?

➤ L’avènement de la génomique est une révolution dans le secteur de l’élevage, au même titre que l’introduction de l’insémination artificielle il y a cinquante ans. En introduisant le potentiel héréditaire dans la sélection, on a accéléré de manière phénoménale l’évolution des races laitières, à commencer par la holstein. La technique permet en effet de prédire la valeur génétique des reproducteurs avant que les taureaux aient une descendance. La holstein de 2021 ne ressemble plus à la holstein de l’an 2000, réputée pour ses problèmes de longévité, de fertilité et de cellules. C’est désormais une race plus durable et résistante. Le génotypage a véritablement entraîné un changement de paradigme dans le modèle de sélection.

Qu’est ce que les producteurs laitiers ont gagné depuis l’arrivée de la génomique dans les programmes de sélection?

➤ Leur quotidien a certes été beaucoup moins bouleversé que par l’introduction de l’insémination artificielle. Mais ils ont concrètement bénéficié de l’amélioration des performances de la race. Prenons l’exemple de la holstein, dont l’index ISET (qui regroupe le critères de santé, de production et de conformation, ndrl) progresse désormais deux fois plus vite! En outre, les caractères de longévité, de fertilité ou de résistance aux maladies, difficilement mesurables auparavant, sont à présent accessibles en temps réel. Les éleveurs le reconnaissent eux-mêmes: les vêlages se déroulent globalement mieux, il y a moins de vaches dites «à problèmes». Et surtout ils bénéficient de valeurs d’élevage nettement plus sûres qu’avant.

Comment expliquer que la fiabilité de l’outil est souvent remise en cause par les éleveurs et que nombre d’entre eux hésitent à franchir le pas?

➤ Les éleveurs ont encore besoin de «voir pour croire». Ils élèvent leurs veaux femelles comme ils l’ont toujours fait, c’est-à-dire jusqu’au premier vêlage, pour juger eux-mêmes de leur potentiel. Ce n’est plus nécessaire, puisqu’on peut savoir dès les premières semaines de vie du veau s’il va nous convenir ou pas dans le cadre du renouvellement de troupeau!

Vu le coût élevé de l’opération, le génotypage passe encore pour une pratique réservée à une élite. Quel est son niveau de rentabilité?

➤ Il faut compter 80 francs pour génotyper un animal. Ce n’est rien en comparaison des frais d’élevage d’une génisse pendant deux ans – environ 3500 francs – sachant qu’on n’a aucune garantie de la vendre à un bon prix… La dépense peut paraître importante, certes, mais c’est de l’argent bien investi. Il permet de sélectionner directement les vaches qu’on veut garder. Et donc d’économiser deux années d’élevage.

La méthode permet-elle dès lors d’améliorer la performance économique des exploitations laitières?

➤ Oui, clairement. À partir du moment où les résultats techniques de l’animal progressent, y compris dans le domaine de la santé, il y a un meilleur rendement économique pour l’éleveur. En outre, ce dernier peut ainsi obtenir plus rapidement un troupeau adapté à ses objectifs de production – pâture intégrale, expositions, etc. Génotyper ses animaux ne permet pas seulement de les vendre à un prix plus élevé, mais aussi de sélectionner son cheptel idéal, de façon immédiate. Et tout ça avec un niveau de sécurité très élevé.

Mais ne va-t-on pas favoriser ainsi une consanguinité déjà inquiétante au sein de la population holstein?

➤ Le risque existe. En accélérant le rythme des croisements, on augmente inévitablement les dangers qui leur sont inhérents. Cependant, la technique permet aussi de découvrir les tares héréditaires et de les maîtriser, à défaut de les éliminer, ce qui est illusoire.

La génomique implique le recours au transfert d’embryon, qui frôle pour certains les limites de l’éthique. Le testage des ovules ou le génotypage prénatal ne risquent-ils pas de mettre en péril l’image de la production laitière auprès du grand public?

➤ La méthode a permis une accélération phénoménale du progrès génétique et sa mise en application n’a absolument rien d’invasif sur l’animal et son bien-être. Il faut absolument différencier le génotypage – qui s’apparente à une cartographie des caractéristiques intrinsèques de l’animal – du génie génétique. Certes, on effectue un tri des animaux, lorsqu’ils sont âgés de 2 mois, contre 18 mois habituellement. Mais le processus reste entièrement naturel. Rien ne nous empêcherait de le combiner avec la monte naturelle!

À quand la prise en compte de l’efficience alimentaire dans les critères de sélection, qui permettraient d’améliorer l’empreinte écologique de la holstein, relativement décriée?

➤ C’est la prochaine étape. La Fédération Holstein Switzerland met actuellement en place une nouvelle valeur d’élevage, dite du «fourrage économisé». La holstein de demain, en plus d’être plus résistante, sera plus économe et durable, même si son empreinte carbone est déjà très bonne. Elle est en effet très efficace en effet en termes de kilos de lait produit par jour de vie. Et c’est la race la plus précoce, donc la plus économique et écologique!

Texte(s): Propos recueillis par Claire Muller
Photo(s): Claire Muller

Bio express

Timothée Neuenschwander: Né en 1979 à Sonceboz (BE), il se forme aux sciences animales à l’EPFZ. Puis il réalise son doctorat en sélection animale et génétique quantitative à l’Université de Guelph, au Canada, avant de revenir en Suisse en 2010. Il participe alors à la création de Qualitas, société aujourd’hui leader en Suisse dans le marché du génotypage et des évaluations génomiques du bétail de rente. Il travaille depuis 2013 pour la Fédération Holstein Switzerland en tant que responsable génétique et développement.

Bon à savoir

Jusqu’aux années 2010, on repérait le bon taureau en fonction des résultats de ses filles, en matière de productivité et de morphologie. Il fallait attendre cinq ans pour établir ses valeurs d’élevage et mettre ce taureau sur le marché. Désormais, la valeur génétique de l’animal peut être estimée, dès sa naissance, directement à partir de quelques poils. La comparaison de ses séquences d’ADN (environ 70000 marqueurs) avec celles d’une population de référence (25000 taureaux à travers le monde) fournit des valeurs d’élevages génomiques, à savoir son potentiel génétique. L’analyse du génome de l’animal prend quelques jours et offre une fiabilité estimée à 70%. Chaque année, Qualitas, une société créée il y a dix ans à Zoug et aujourd’hui leader dans le domaine, génotype 20% du
troupeau holstein helvétique.